プロバイオティクスサプリは人によって相性の良い悪いがあるので、実際に試して見つけていくのがよい、とよく聞きます。
※ちなみにプロバイオティクスを飲んで悪くなったという声は聞いたことがないので、「相性が悪い」＝効果がない（飲んだ菌が定着しない）ということと私は理解しています。
では、どんな視点で見極めたらよいのでしょうか？
①2週間以上続ける
一つ目はとにかく2週間以上続けてみることです。腸内環境は様々な菌種が活きる一つの生態系・複雑系です。一度何かを飲んだり食べたりしたからと言ってなかなかそのバランスは良くも悪くも変わりません。
私の体感的にも、まず2週間程度用法容量通りに続けてみて、何か変化があるか？ないか？を見ないと判断が難しいでしょう。
②便のお通じ
便意のリズムや量・硬さに良い変化があれば、相性が良いと考えられます。
ちなみに活性炭などを使った腸デトックスをしっかり行うと、最終的に毎食後（1日3回）にうんちが出る状態になるのが望ましい、とも言われているため、便の頻度は3回程度までなら多すぎるということはないかと思います。ちなみに私は普段は毎日1~2回出ます（失礼）。
③おならが増えるかどうか
もっとも判断しやすいのが、オナラの頻度と匂いです。
頻度が増えることは、腸内細菌が活発に活動している証拠なので何らかの変化はあったということ。特に見るべきは匂いです。
プロバイオティクスを飲んで臭くなった、という情報は見たことはありません。
もし臭い場合は、そもそも飲んだサプリが関係してないかもしれないので、別の原因（食生活）も視野に入れつつつ続けてみて、2週間しても臭いままなら別の対策を検討した方が良いかもしれません。
無臭の場合は、しっかり腸内細菌が有害物質を分解してくれている証拠なのでそのままでok。
中にはおならが出過ぎて困る、という場合もありますが（私がビオスリーを飲んだ時もそうでした）体調的にはそのまま続けていれば少しづつ身体が慣れておならも減っていくのが定説のようです。
ただ、あまり減らなければ飲む頻度や量で調節するとよいかもしれません。
以上、3つのポイントを見てきました。
プロバイオティクスサプリは結構高いものもありますが、腸は第二の脳といわれるほど重要な器官ですので、他のサプリとはウェイトが少し違うものと思って選んでみてはいかがでしょうか。